海洋汚染のひとつに土砂の流入もある。人間が山の木を大量伐採したあとに大雨が降ると、自然状態とは数桁違う大量の土砂が河川に流れ込むため、産卵場所としての藻場や、珊瑚礁のような微妙な生態系に大きな影響を与えることになる。沖縄に大雨が降って海に土砂が流れ込むと、珊瑚礁にオニヒトデが異常発生することが知られている。
さらに近年、漂着ごみによる海岸への悪影響が深刻な問題となりつつあり、また、ウミガメや大型魚類がビニール袋をクラゲなどのエサと勘違いして食べ、消化管が詰まって死に至るという問題も起こっている。
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また、近年では上記のような汚染だけではなく、漁獲資源の乱獲による海洋生態系の崩壊も問題になっており、これもまた広義の海洋汚染として認識されつつある。 1960年代からの大規模なトロール業の開始と、魚群探知機などに代表される行き過ぎた漁業技術の進歩により、現在では多くの大型魚類資源がかつての量の10%以下となっており、絶滅も心配されている。この結果、主要な小型魚種の不安定的な資源量変動が生じ、海洋生態系を構成する生態系ピラミッドの改変（クラゲやヒトデなどの大発生に代表される、いわゆる「海のスライム化」）の要因のひとつと考えられている。
排水の規制により、河川水質は一定改善されたが、閉鎖性水域の水質が改善されない原因として、底質汚染の問題があり、底質汚染が水質汚染の原因と一つとなっている。このため、国土交通省は技術的資料や、考え方などを2007年にとりまとめ対応している。